Ellen Ripleyová je po 200 letech klonována vojenskými vědci, kteří z ní vyoperují vetřelce. Má však vzpomínky a genetické změny, které ji spojují s královnou vetřelců. Když vetřelci uniknou z laboratoře, na palubě výzkumné lodi Auriga začíná boj o přežití. Přidává se k ní posádka obchodní lodi Betty.

Vesmírná loď Nostromo zachytí SOS signál a posádka se vydává na průzkum blízké planety. Po nalezení záhadné kolonie vajíček se situace zhorší, když jedno z vajíček uvolní nebezpečný organismus. Tento tvor začne postupně likvidovat posádku lodi, a zdá se, že je nezastavitelný. Noční můra začíná.

Ve třetí kapitole hororové sci-fi ságy musí poškozená vesmírná loď Ripleyové nouzově přistát na planetě Fiorina 161, kde v nehostinné pustině přežívají bývalí chovanci nejpřísněji střeženého vězení planety. Ale na palubě její lodi je i Vetřelec... počet mrtvých těl brzy narůstá!

Sidney se schovává před světem a snaží se žít v klidu, ale minulost ji znovu dožene. Když během natáčení filmu podle předchozích vražd začne řádit další Ghostface, staré rány se znovu otevřou. Vyšetřování postupně odhaluje tajemství spojená se Sidneyinou rodinou a událostmi, které všechno odstartovaly. Je to díl, který uzavírá původní trilogii a přidává několik překvapivých odhalení.

Sidney se snaží začít nový život na vysoké škole a nechat hrůzy z minulosti za sebou. Když se ale objeví nový vrah v masce Ghostface, noční můra začíná znovu a nikdo není v bezpečí. Tentokrát jsou vraždy inspirované událostmi z prvního filmu a podezřelých je zase víc než dost.